Quy trình làm hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu

Miễn thuế xuất nhập khẩu là chính sách quan trọng giúp doanh nghiệp giảm chi phí và nâng cao năng lực cạnh tranh trong hoạt động thương mại quốc tế. Việc nắm rõ quy trình và chuẩn bị hồ sơ đúng quy định là yếu tố then chốt để được cơ quan hải quan phê duyệt nhanh chóng.

Kế Toán Tài Nhân mang đến hướng dẫn chi tiết về quy trình làm hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu. Nội dung bao gồm thủ tục, hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu và các chính sách miễn thuế nhập khẩu cập nhật năm 2025. Bài viết giúp doanh nghiệp chủ động trong việc thực hiện thủ tục và tận dụng hiệu quả các ưu đãi thuế.

Thủ tục miễn thuế xuất nhập khẩu

Hồ sơ cần chuẩn bị

Hồ sơ miễn thuế là bộ hồ sơ hải quan được quy định tại Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành. Người nộp thuế cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ liên quan đến hàng hóa đề nghị miễn thuế, đồng thời bổ sung thêm các giấy tờ theo từng trường hợp cụ thể.

Thành phần hồ sơ cơ bản bao gồm:

Hợp đồng ủy thác: Trường hợp ủy thác xuất khẩu hoặc nhập khẩu hàng hóa, nộp 01 bản chụp.
Hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc chỉ định thầu: Trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu hàng hóa, hợp đồng phải ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu, nộp 01 bản chụp.
Hợp đồng cung cấp hàng hóa cho hoạt động dầu khí: Trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa phục vụ hoạt động dầu khí, hợp đồng phải ghi rõ giá không bao gồm thuế nhập khẩu, nộp 01 bản chụp.
Hợp đồng cho thuê tài chính: Trường hợp nhập khẩu hàng hóa để cung cấp cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế, hợp đồng cho thuê phải ghi rõ giá không bao gồm thuế nhập khẩu, nộp 01 bản chụp.
Chứng từ chuyển nhượng hàng hóa miễn thuế: Trường hợp hàng hóa miễn thuế được chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác, chứng từ chuyển nhượng phải ghi rõ giá không bao gồm thuế nhập khẩu, nộp 01 bản chụp.
Văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và Công nghệ: Áp dụng cho phương tiện vận tải quy định tại khoản 11, khoản 15, khoản 16 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, nộp 01 bản chính.
Danh mục miễn thuế: Đối với trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế dự kiến nhập khẩu bằng giấy, nộp 01 bản chụp danh mục và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cơ quan hải quan tiếp nhận, xuất trình bản chính để đối chiếu.
Quyết định miễn thuế của Thủ tướng Chính phủ: Áp dụng cho các trường hợp tại điểm a, b, đ khoản 1 Điều 28 Nghị định 18/2021/NĐ-CP, nộp 01 bản chụp, xuất trình bản chính để đối chiếu.
Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế thông qua hệ thống điện tử theo quy định tại Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, bao gồm:
- Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư (Điều 14).
- Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu trong thời hạn 05 năm (Điều 15).
- Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí (Điều 16).
- Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động đóng tàu, tàu biển xuất khẩu (Điều 17).
- Giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật (Điều 18).
- Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất, lắp ráp trang thiết bị y tế (Điều 23).
- Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu phục vụ sản xuất sản phẩm công nghệ thông tin, nội dung số, phần mềm (Điều 24).

Đối với các trường hợp phải thông báo danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu, thủ tục thông báo danh mục hàng hóa miễn thuế được hướng dẫn riêng)

Ghi chú: Đối với các trường hợp miễn thuế hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh; miễn thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có trị giá tối thiểu; hoặc hàng hóa xuất nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh, hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định tại Luật Hải quan 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Nếu thực hiện thủ tục miễn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, người nộp thuế không cần nộp Danh mục miễn thuế bản giấy. Cơ quan hải quan sẽ sử dụng Danh mục miễn thuế điện tử để thực hiện miễn thuế theo quy định.

Các trường hợp sau phải thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu theo Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP:

Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu trong thời hạn 5 năm để sản xuất hàng xuất khẩu.
Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí.
Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động đóng tàu hoặc sản xuất tàu biển xuất khẩu.
Giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật thuộc diện miễn thuế.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất, lắp ráp trang thiết bị y tế.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho sản xuất sản phẩm công nghệ thông tin, nội dung số hoặc phần mềm.
Đối với các trường hợp trên, thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế được hướng dẫn riêng theo quy định của Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan.

Lưu ý:

Đối với các trường hợp miễn thuế khác như hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh, hàng hóa có trị giá tối thiểu hoặc hàng hóa gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh, hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định tại Luật Hải quan 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu đặc thù

Ngoài hồ sơ miễn thuế thông thường, tùy từng trường hợp, người nộp thuế cần bổ sung thêm một số giấy tờ cụ thể theo quy định sau:

Tài sản di chuyển (Điều 7 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Giấy phép lao động hoặc giấy tờ có giá trị tương đương do cơ quan có thẩm quyền cấp cho người nước ngoài hoặc người Việt Nam định cư ở nước ngoài đến làm việc tại Việt Nam từ 12 tháng trở lên.
Văn bản chứng minh việc kết thúc hoạt động hoặc chấm dứt hợp đồng lao động ở nước ngoài đối với tổ chức, công dân Việt Nam có thời gian làm việc ở nước ngoài từ 12 tháng trở lên.
Hộ chiếu hoặc giấy tờ thay thế có giá trị (có xác nhận nhập cảnh của cơ quan quản lý xuất nhập cảnh) đối với người Việt Nam định cư ở nước ngoài đã đăng ký thường trú tại Việt Nam.
Bản sao một trong các giấy tờ: Căn cước công dân, Chứng minh nhân dân, Giấy xác nhận thông tin cư trú, Giấy thông báo số định danh cá nhân hoặc thông tin công dân trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư.
Bản chính Quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc miễn thuế đối với tài sản di chuyển vượt định mức miễn thuế.

Quà biếu, quà tặng (Điều 8 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Văn bản thỏa thuận biếu, tặng hàng hóa trong trường hợp người nhận là tổ chức.
Bản chính văn bản của cơ quan chủ quản cấp trên cho phép tiếp nhận và sử dụng hàng hóa miễn thuế, kèm tài liệu chứng minh tổ chức nhận quà được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động.
Bản chính văn bản của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố hoặc Bộ, ngành chủ quản đối với quà biếu, quà tặng phục vụ mục đích nhân đạo, từ thiện.

Hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu, sản xuất hàng hóa xuất khẩu (Điều 10, 12 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Ngoài hồ sơ miễn thuế theo Điều 31 Nghị định này, người xuất khẩu tại chỗ phải nộp thêm văn bản chỉ định giao hàng hóa tại Việt Nam của tổ chức hoặc cá nhân nước ngoài.

Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới (Điều 9 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Người nộp thuế cung cấp số định danh cá nhân hoặc xuất trình giấy thông hành biên giới hoặc thẻ Căn cước công dân.

Hàng hóa tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập trong thời hạn nhất định (Điều 13 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất, cần nộp thêm thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng hoặc chứng từ nộp tiền đặt cọc vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước (bản chính), trong trường hợp thư bảo lãnh chưa được cập nhật vào hệ thống điện tử hải quan.

Hàng hóa nhập khẩu phục vụ nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ (Điều 19 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Bản sao Quyết định về việc thực hiện đề tài, chương trình, dự án nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ cùng danh mục hàng hóa cần nhập khẩu để thực hiện dự án.
Bản sao văn bản xác nhận danh mục hàng hóa phục vụ hoạt động ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố hoặc bộ chủ quản cấp.
Bản sao văn bản xác nhận danh mục hàng hóa sử dụng trực tiếp cho đổi mới công nghệ do Bộ Khoa học và Công nghệ hoặc cơ quan được ủy quyền cấp.

Hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng (Điều 20 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Bản chính công văn đề nghị của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc đơn vị được ủy quyền theo Mẫu số 03a Phụ lục VII ban hành kèm Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
Bản sao hợp đồng mua bán hàng hóa.
Bản sao hợp đồng ủy thác nhập khẩu hoặc hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc chỉ định thầu, trong đó ghi rõ giá hàng hóa chưa bao gồm thuế nhập khẩu.

Hàng hóa phục vụ hoạt động in, đúc tiền (Điều 26 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Bản sao văn bản của Ngân hàng Nhà nước cho phép tổ chức nhập khẩu máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư, linh kiện, phụ tùng phục vụ hoạt động in, đúc tiền.

Hàng hóa nhập khẩu phục vụ cứu trợ khẩn cấp khi xảy ra thiên tai, thảm họa, dịch bệnh (Điều 28 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Hồ sơ hải quan theo quy định tại Điều 24 Luật Hải quan.
Bản chính văn bản xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố, Bộ hoặc cơ quan tương đương về việc nhập khẩu hàng hóa phục vụ cứu trợ khẩn cấp, trong đó nêu rõ tình hình thiệt hại.
Bản chính danh mục hàng hóa nhập khẩu phục vụ cứu trợ khẩn cấp.
Bản sao Quyết định công bố dịch bệnh của cơ quan có thẩm quyền theo Luật phòng, chống bệnh truyền nhiễm (nếu có).

Miễn thuế xuất khẩu đối với mặt hàng da trăn có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản (Điều 28 Nghị định 134/2016/NĐ-CP)

Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký trại nuôi sinh sản động vật hoang dã do cơ quan Kiểm lâm địa phương hoặc cơ quan được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ định cấp, kèm bản chính để đối chiếu trong lần xuất khẩu đầu tiên.
Bản sao Giấy xác nhận số lượng trăn được giết mổ có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản do cơ quan Kiểm lâm địa phương xác nhận, kèm bản chính để đối chiếu khi làm thủ tục xuất khẩu.

Miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế (Điều 29a Nghị định 134/2016/NĐ-CP, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP)

Chủng loại và định lượng hàng hóa theo quy định của điều ước quốc tế.
Văn bản xác nhận của cơ quan đề xuất ký kết hoặc gia nhập điều ước quốc tế, hoặc của cơ quan quản lý chuyên ngành trong trường hợp điều ước không quy định cụ thể chủng loại và định lượng miễn thuế.
Trường hợp cơ quan đề xuất ký kết hoặc gia nhập điều ước quốc tế không phải là cơ quan quản lý chuyên ngành, việc xác nhận căn cứ vào văn bản của cơ quan đề xuất ký kết hoặc gia nhập điều ước quốc tế.

Trình tự thủ tục miễn thuế xuất nhập khẩu

Bước 1: Nộp hồ sơ đề nghị miễn thuế

Người nộp thuế có thể nộp hồ sơ theo hai hình thức:

Trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu điện đến Cục Thuế xuất nhập khẩu – Tổng cục Hải quan
Nộp trực tuyến qua hệ thống hải quan điện tử https://www.customs.gov.vn/

Trước khi nộp hồ sơ, người nộp thuế cần điền tờ khai xác định, kê khai hàng hóa và tính thuế nhập khẩu và thuế xuất khẩu được miễn khi làm thủ tục hải quan.

Bước 2: Kiểm tra và bổ sung hồ sơ

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận, cơ quan hải quan sẽ kiểm tra hồ sơ. Nếu hồ sơ chưa đầy đủ, cơ quan hải quan thông báo để người nộp thuế bổ sung kịp thời.

Bước 3: Xác định và áp dụng chính sách miễn thuế

Cơ quan hải quan đối chiếu hồ sơ với quy định hiện hành để xác định hàng hóa có thuộc diện miễn thuế xuất khẩu hoặc miễn thuế nhập khẩu.

Nếu không đủ điều kiện, hàng hóa sẽ bị thu thuế và có thể bị xử phạt vi phạm theo quy định pháp luật.

Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của hải quan sẽ tự động trừ lùi số lượng hàng hóa xuất nhập khẩu tương ứng với danh mục miễn thuế đã đăng ký.

Nếu doanh nghiệp sử dụng hình thức thông báo danh mục miễn thuế bằng bản giấy, cơ quan hải quan có trách nhiệm cập nhật và trừ lùi thủ công theo hồ sơ thực tế.

Thời hạn giải quyết yêu cầu miễn thuế xuất nhập khẩu

Theo Quyết định 1001/QĐ-BTC, thời gian xử lý hồ sơ miễn thuế của cơ quan hải quan được quy định rõ ràng như sau:

Kiểm tra hồ sơ miễn thuế: tối đa 2 giờ làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ.
Kiểm tra thực tế hàng hóa miễn thuế:
- Tối đa 8 giờ làm việc kể từ khi người khai hải quan xuất trình đủ hàng hóa cần kiểm tra.
- Tối đa 8 giờ kể từ khi có kết quả kiểm tra chuyên ngành nếu hàng hóa thuộc diện kiểm tra về chất lượng, y tế hoặc các tiêu chuẩn khác.
- Tối đa 2 ngày làm việc đối với lô hàng có số lượng lớn, nhiều chủng loại hoặc kiểm tra phức tạp.
- Hải quan vẫn tổ chức kiểm tra vào ngày nghỉ, ngày lễ hoặc ngoài giờ nếu cần để đảm bảo không gián đoạn hoạt động xuất nhập khẩu.
Ra thông báo miễn thuế: trong vòng 15 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Đăng ký trực tiếp tại cơ quan hải quan

Nếu không thể thực hiện thủ tục qua hệ thống VNACCS, doanh nghiệp nộp hồ sơ giấy tại cơ quan hải quan có thẩm quyền, gồm:

Công văn thông báo danh mục hàng hóa miễn thuế (01 bản chính).
Danh mục hàng hóa miễn thuế (02 bản chính).
Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế (01 bản chính).
Bản sao có chứng thực của doanh nghiệp đối với các giấy tờ từ điểm b đến điểm k mục 1 nêu trên.

Chính sách miễn thuế xuất nhập khẩu cập nhật mới nhất năm 2025

Năm 2025, các loại hàng hóa được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo Điều 16 Luật Thuế xuất nhập khẩu 2016 gồm:

Hàng hóa của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi hoặc miễn trừ tại Việt Nam, theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam tham gia.
Hàng hóa trong định mức hành lý miễn thuế của người xuất nhập cảnh và hàng hóa nhập khẩu bán tại cửa hàng miễn thuế.
Tài sản di chuyển, quà biếu, quà tặng trong định mức giữa tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài.
Hàng hóa mua bán qua biên giới của cư dân biên giới trong danh mục và định mức phục vụ sản xuất, tiêu dùng.
Hàng hóa được miễn thuế theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Hàng hóa có trị giá hoặc số thuế phải nộp dưới mức tối thiểu.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công hàng xuất khẩu.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.
Hàng hóa tạm nhập tái xuất hoặc tạm xuất tái nhập trong thời hạn quy định như máy móc, thiết bị, tàu biển, tàu bay.
Hàng hóa không mang tính thương mại như hàng mẫu, phim, ảnh, mô hình thay thế.
Hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định cho dự án được hưởng ưu đãi đầu tư.
Giống cây trồng, vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật chưa sản xuất được trong nước.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện phục vụ dự án công nghệ cao, khoa học công nghệ, hoặc thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư đặc biệt.
Nguyên liệu, vật tư, linh kiện cho sản xuất thiết bị y tế.
Hàng hóa phục vụ hoạt động dầu khí như máy móc, thiết bị, phương tiện chuyên dùng.
Hàng hóa nhập khẩu phục vụ đóng tàu.
Hàng hóa phục vụ in, đúc tiền.
Hàng hóa phục vụ sản xuất CNTT, nội dung số, phần mềm.
Hàng hóa bảo vệ môi trường như thiết bị xử lý rác thải, nước thải, khí thải, năng lượng tái tạo.
Hàng hóa phục vụ giáo dục.
Máy móc, thiết bị, vật tư phục vụ nghiên cứu khoa học.
Hàng hóa phục vụ an ninh, quốc phòng, bao gồm phương tiện vận tải chuyên dụng.
Hàng hóa dùng để bảo đảm an sinh xã hội, cứu trợ thiên tai, thảm họa, dịch bệnh.
Chính phủ sẽ quy định chi tiết thêm về các loại hàng hóa được miễn thuế này.

Lưu ý khi làm hồ sơ miễn thuế hàng hóa xuất nhập khẩu

Khi làm hồ sơ miễn thuế hàng hóa xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần lưu ý các điểm sau:

Nếu nhà thầu hoặc công ty cho thuê tài chính là đơn vị nhập khẩu, chủ hàng vẫn phải đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế.
Đơn vị nhập khẩu phải sử dụng đúng danh mục đã được chủ hàng đăng ký khi khai báo hải quan.
Danh mục hàng hóa miễn thuế phải phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, quy mô và công suất của dự án.
Doanh nghiệp có thể đăng ký danh mục miễn thuế một lần cho toàn bộ dự án hoặc chia theo từng giai đoạn, hạng mục, tổ hợp, dây chuyền máy móc tùy nội dung ghi trong giấy chứng nhận đầu tư hoặc hồ sơ kỹ thuật.
Trường hợp danh mục đã đăng ký có sai sót hoặc cần điều chỉnh, doanh nghiệp được phép sửa đổi nhưng phải cung cấp đầy đủ chứng từ chứng minh cho cơ quan hải quan trước khi nhập khẩu.

Kết luận

Việc nắm rõ quy trình miễn thuế xuất nhập khẩu giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong hoạt động thương mại và quản lý chi phí. Đây là kiến thức quan trọng mà người làm kế toán, tài chính cần thường xuyên cập nhật để áp dụng chính xác trong thực tế. Theo dõi Kế Toán Tài Nhân để cập nhật kịp thời các thay đổi về chính sách thuế, kế toán và tài chính doanh nghiệp.

📌 Thông tin liên hệ: